Im NLP wird der Ausdruck Physiologie zweifach verwendet:
(1) Physiologie bezeichnet alles, was mit dem physischen Körper
(im Unterschied zum psychischen Geschehen) zu tun hat. Die Physiologie
einer Person umfaßt alles, was durch 
genaues Wahrnehmen von außen beobachtet werden kann, d.h alle Zugangs-Hinweise, wie Körperhaltung, Atmung, Lippengröße, Gesichtsfarbe, Muskelspannungen, Augen-Bewegungen, alle auditiven Untereigenschaften der Stimme, die gesamte Körper-Sprache.
NLP geht von einer engen Verbindung von Körper und Geist aus.
Die Physiologie eines Menschen hat einen direkten Einfluß auf
seine kognitiven Prozesse und auf seinen inneren Zustand. Kleine Veränderungen in der Physiologie (z.B. den Kopf ein klein
bißchen höher halten) können auf einen großen Einfluß auf die
innere Befindlichkeit ausüben.
(2) Physiologie ist der körperliche Gesamt-Eindruck, der sich
auf einen bestimmten inneren Zustand bezieht. Thies Stahl (1995 (1988)) unterscheidet nach Problem-Physiologie, Ziel-Physiologie, Ressourcen-Physiologie, Versöhnungs-Physiologie und Misch-Physiologie.